Im Heiligtum in Lagiewniki befindet sich eine der ältesten Nekropolen von Krakau – der Klosterfriedhof, der im 19. Jahrhundert im alten Garten der Kongregation der Mutter Gottes der Barmherzigkeit erbaut wurde. Dort ruhen die sterblichen Überreste von den Schwestern, Priestern, Absolventinnen des Erziehungszentrums der Kongregation und Personen, die mit dem Kloster in Lagiewniki verbunden waren. Auf diesem Friedhof ruhten 28 Jahre lang die sterblichen Überreste der hl. Faustina. Hier wurden u.a. die Generaloberin Mutter Michaela Moraczewska, Sr. Kaliksta Piekarczyk, die im zweiten Weltkrieg ihr Leben als Opfer für die Erhaltung von Krakau hingegeben hat, M. Ksawera Olszamowska, die ihr Leben für die Einführung in die Kirche des Festes der Barmherzigkeit und die Verbreitung der Botschaft der Barmherzigkeit hingegeben hat sowie andere Schwestern, die ihr Leben in verschiedenen Anliegen aufgeopfert haben, beerdigt. Der Friedhof grenzt an der Südseite an die Basilika und  wird oft von den Pilgern besucht. An der Ostseite (hinter der Basilika) befindet sich ein Soldatenfriedhof des ersten Weltkrieges. Dort befinden sich viele Gräber mit Kreuzen von 266 Soldaten aus 15 europäischen Ländern. In der Zeit des ersten Weltkrieges wurde ein Teil des Anwesens vom Kloster zum Kriegskrankenhaus mit über 1000 Betten. Dort pflegte man Soldaten aus verschiedenen Ländern, die an Typhus, Cholera, Dysenterie, Pocken und Scharlach (Infektionskrankheiten) litten. Einige von Ihnen konnten nicht gerettet werden. Sie starben im Krankenhaus und wurden auf dem Friedhof neben dem Kloster beerdigt.