Das Herz des Heiligtums der Barmherzigkeit Gottes in Krakau-Łagiewniki ist die Klosterkapelle mit dem Gnadenbild des Barmherzigen Jesus und dem Grab der hl. Schwester Faustina. Dieses kleine Gotteshaus, das im Klosterkomplex der Kongregation der Schwestern der Muttergottes der Barmherzigkeit errichtet und 1891 geweiht wurde, diente einstmals nur den Schwestern und ihren Zöglingen; es war der Zeuge der Gebete und außergewöhnlichen Gnaden (u. a. der Offenbarungen Jesu und der Muttergottes), die der Apostelin der Barmherzigkeit Gottes hier zuteil wurden. Mit ihrem Tod wurde an diesem Ort die Botschaft von der Barmherzigkeit Gottes verwahrt, die sie nach dem Willen Christi der Kirche und der Welt übermittelte. Deshalb wurde das Heiligtum in Łagiewniki zur Hauptstadt des Kultes der Barmherzigkeit Gottes, von der aus diese Botschaft in die ganze Welt ausgeht und zu der Menschen von allen Kontinenten pilgern, wobei sie viele Gnaden erbitten, wovon die zahlreichen Votivgaben zeugen, die sich in den Schaukästen um die Kapelle befinden.
Im Seitenaltar linker Hand in der Kapelle befindet sich das Gnadenbild des Barmherzigen Jesus, das von Adolf Hyła geschaffen und von P. Józef Andrasz SI (dem Krakauer Seelenführer der Schwester Faustina) am 16. April 1944, dem ersten Sonntag nach Ostern, geweiht wurde. Kopien und Reproduktionen dieses Bildes haben sich weltweit verbreitet und mit ihm erfüllten sich die Worte Jesu, die Er bei seiner ersten Offenbarung zur Schwester Faustina sagte: Ich wünsche, dass dieses Bild verehrt wird, zuerst in eurer Kapelle, dann auf der ganzen Welt (TB 47).
Auf dem Altar unter diesem Bild ruht der kleine weiße Marmorsarg mit den Reliquien der hl. Schwester Faustina, ein Teil von ihnen befindet sich in der Marmorkniebank vor dem Altar, damit die Pilger sie ungehindert verehren und sie um ihre mächtige Fürsprache in den an die Barmherzigkeit Gottes gerichteten Gebeten bitten können.
Im Hauptaltar ist eine Figur der Muttergottes der Barmherzigkeit, der Patronin der Kongregation, und in den Seitennischen dieses Altars befinden sich Figuren des hl. Stanislaus Kostka, des Patrons der Jugend, sowie der hl. Maria Magdalena, der Patronin der Büßerinnen. Im Seitenaltar auf der linken Seite ist ein Bild des hl. Josef mit dem Kind zu sehen. Er war von Anfang an der Patron dieser Kapelle und des gesamtes Anwesens, das zu seinen Ehren einstmals als „Józefów“ bezeichnet wurde. An den Seitenwänden befinden sich Bilder der hl. Johannes Paul II, des hl. Ignatius, des Patrons der Kongregation, sowie des sel. Michał Sopoćko, des Seelenführers der hl. Schwester Faustina.
Im Jahre 1968 nahm Kard. Karol Wojtyła die St. Josef-Kapelle wegen des Grabs der Dienerin Gottes Schwester Faustina, das von Pilgern zahlreich besucht wurde, in die Liste der Heiligtümer des Erzdiözese Krakau auf, und am 1. November 1992 erließ der Krakauer Metropolit Kard. Franciszek Macharski ein offizielles Dekret, das diese Kapelle in den Rang eines Heiligtums der Barmherzigkeit Gottes erhob.
